Der Hauptbahnhof Rostock wurde in den Jahren 1999 - 2003 modernisiert. Das Empfangsgebäude wurde vollständig neu gebaut wobei Teile der alten Empfangshalle erhalten und integriert wurden. So konnte der Bahnhof sein gewohntes Äusseres von der Nordansicht her behalten.

Hinzu kamen ein Straßenbahntunnel und eine Südempfangshalle mit Blumen- und Zeitungsgeschäft sowie Bäckerfiliale und Kiosk.

Mit der S-Bahn ist Warnemünde von hier aus in nur 21 Minuten zu erreichen. Seit 2007 wird der Bahnhof Rostock von ICE angefahren.